Il territorio di Zanzibar è un arcipelago situato nell'Oceano Indiano, di fronte alla costa orientale della Tanzania, pochi gradi a sud dell'equatore. È costituito da due isole principali, Unguja (o semplicemente "Isola di Zanzibar") a sud, e Pemba a nord, e da oltre quarante isole minori, tutte considerevolmente più piccole, alcune delle quali disabitate. La distanza minima fra l'arcipelago e la costa continentale è di circa 40 km e si ha nel Canale di Zanzibar, lo stretto che separa Unguja dall'entroterra, grosso modo in corrispondenza della linea immaginaria che congiunge Bagamoyo nel continente con Stone Town su Unguja. La distanza varia comunque di poco lungo tutto il Canale. Più ampio è invece il baccio di mare che separa Pemba dalla costa (Canale di Pemba). La distanza fra Unguja e Pemba è di circa 50 km. Le isole minori dell'arcipelago (la più grande delle quali è Tumbatu), sono distribuite intorno a entrambe le isole principali.

Le isole dell'arcipelago sono generalmente collinose, senza grandi rilievi; un tempo coperte da foresta pluviale, nel corso dei secoli sono state quasi completamente deforestate per creare terreno agricolo. Tratti di foresta originaria di dimensioni significative si trovano solo nelle tre aree naturali protette principali: la foresta di Jozani a Unguja e le foreste di Ngezi e Msitu Mkuu a Pemba.

Data la posizione quasi equatoriale, il clima dell'arcipelago è nettamente tropicale, con temperature elevate tutto l'anno e due stagioni delle pioggie, rispettivamente fra marzo e giugno (la maggiore) e fra ottobre e dicembre-gennaio (la minore)